打肝素会产生一定的副作用，容易引起自发性出血、肝肾功能障碍、偶见严重的过敏反应等等。
1.自发性出血
肝素有抗凝血作用，当注射肝素时，会明显降低血液中凝血酶的活性、抑制血小板的粘附聚集，易出现自发性出血现象，如粘膜出血、伤口出现等。对于出血性疾病患者，使用肝素会造成病情加剧，使出血可能性增加。
2.肝肾功能障碍
肝素通过肝肾途径代谢，易加重病患肝肾功能负担，影响肝肾组织正常功能。对于肝肾功能不足者、胃肠疾病者、高血压者要尽量避免使用肝素，以免加重病情。
3.过敏反应
打肝素可能会引起严重的过敏情况，出现呕吐、头晕等症状，对于特殊体质患者，应完善相关检查后再使用。
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