1、最常见出血，可能发生任何部位。
2、常见寒战、发热、荨麻疹等过敏反应。
3、长期用药可致脱发和短暂的可逆性秃头症、骨质疏松和自发性骨折。
4、注射局部可见局部刺激、红斑、轻微头痛、血肿、溃疡等。肌内注射后更严重，因此不宜肌内注射。
5、尚见短暂的血小板减少症。肝素诱发的血小板数减少（HIT）是由于肝素-血小板4因子抗体复合物结合于血小板4因子受体所致。可激活血小板聚集，造成小动脉栓塞。虽少见，但可致死。如出现HIT应立即停用肝素。
用药期间应定时测定凝血时间。60岁以上老人对本品更为敏感，应减少用量，并加强监测。妊娠期妇女仅在有明确适应证时，方可用本品。本品不分泌入乳汁。肌内注射或皮下注射刺激性较大，应选用细针头做深部肌内或皮下脂肪组织内注射。
对肝素过敏、有出血倾向及凝血机制障碍者（如血友病、紫癜、血小板减少），消化性溃疡、创伤、先兆流产及产后出血者，严重高血压、颅内出血、细菌性心内膜炎、活动性结核、内脏肿瘤、严重肝肾功能不全者，外伤及手术后患者均禁用。
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