肝素可能引起一过性血压降低，原因尚不清楚。可能与制备肝素时使用消毒剂苯甲醇有关，后者增加细胞内环磷酸腺苷（cAMP），可产生扩血管效应。
Atkinson用不含苯甲醇的肝素亦观察到血压下降，同时伴血浆组胺增高，这可能与下列因素有关：（1）与牛肺或猪肠粘膜含大量组织细胞和组胺有关；（2）肝素成品含污染物质，进入血液刺激组织细胞释放组胺；（3）肝素过敏，特别是既往用过肝素的病人血压中已有以IgE为主的抗体与肝素再次相遇，即产生免疫反应而释放组胺。
Urban等发现肝素引起血流动力学变化与Ca2＋浓度下降有关。因Ca2＋的减少可导致血管张力下降、心肌收缩力减弱，从而出现动脉压明显下降。如在给肝素时用钙剂，可缓解血压下降。Droad认为肝素是一种活化的脂蛋白脂肪酶，可催化产生大量游离脂肪酸，并竞争性与血浆白蛋白结合，促使一些扩血管物质呈游离状态，从而产生扩血管效应。
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